مشكلات هوشی : باعث ایجاد مشكلات شناختی، تأخير گفتار و حافظه ضعيف می شود

بيماري های قلبی: نيمی از كودكان مبتلا به سندروم داون با نوعی نقص مادرزادی قلبی متولد می شوند. این مشکلات قلبی می تواند تهدید کننده زندگی باشد و ممکن است در اوایل دوران نوزادی نیاز به جراحی داشته باشد.

نقص دستگاه گوارشی: ناهنجاری های گوارشی در برخی از کودکان مبتلا به سندرم داون رخ می دهد و ممکن است شامل ناهنجاری های روده، مری، نای و مقعد باشد. خطر ابتلا به مشکلات گوارشی، مانند انسداد دستگاه گوارش، سوزش سر دل (ریفلاکس معده به مری) یا بیماری سلیاک ممکن است افزایش یابد. اختلالات ایمنی افراد مبتلا به سندرم داون به دلیل ناهنجاری‌های سیستم ایمنی خود، در معرض افزایش خطر ابتلا به اختلالات خود ایمنی، برخی از انواع سرطان و بیماری‌های عفونی مانند ذات‌الریه هستند.

چاقی: افراد مبتلا به سندرم داون در مقایسه با جمعیت عمومی، تمایل بیشتری به چاق شدن دارند.

مشکلات ستون فقرات: برخی از افراد مبتلا به سندرم داون ممکن است دارای انحراف دو مهره بالایی در گردن باشند (بی ثباتی آتلانتواکسیال). این وضعیت آنها را در معرض آسیب جدی به نخاع ناشی از کشیدگی بیش از حد گردن قرار می دهد.